La amniocentesis, lleva a las mujeres a exagerar y a fantasear con miedo al daño que puede sufrir el bebé a causa de la punción y que al extraer líquido amniótico afecte su salud con algún tipo de dolor.
En principio este es un procedimiento que se va a llevar a cabo dentro de las 16ª y 20a semanas de gestación porque se encuentran la cantidad de células suficientes para poder ser cultivadas, cosechadas y analizadas por un cetogenetista o bioquímico a fin de que éste verifique la cantidad de cromosomas conjuntamente con sus características. Se lleva a cabo bajo un control ecográfico mientras el médico comprueba el recorrido de aguja.

La ecografía va a permitir observar la posición en la que se encuentra el bebé y la placenta. Previamente se limpia toda la zona del abdomen con un antiséptico, luego se procede mediante una aguja a realizar la punción. La mujer solo siente una mínima molestia al extraer entre 15 a 20 centímetros cúbicos, los cuales se reponen en minutos. En el caso de que la mujer tenga sangre RH negativo después del procedimiento debe recibir inmunoglobulina anti D como prevención a la sensibilización de la sangre en el caso de haber pasado sangre del bebé RH positivo al flujo de la mujer RH negativo durante el procedimiento. Mediante el ecógrafo o un detector de latidos el obstetra va a comprobar la frecuencia cardíaca del bebé.

La amniocentesis es un procedimiento seguro, solo 1 de cada 300 embarazos puede llegar a perderse debido a la rotura de la bolsa de aguas, dado que a la altura de vida del bebé al hacer este procedimiento no puede mantenerse con vida fuera del útero. Por otra parte este procedimiento como la aspiración de vellosidades coriales o la cordonocentesis necesitan un adecuado asesoramiento genético para que los padres puedan tomar una resolución coherente y correcta pudiendo elegir o no estos tipos de diagnósticos.